Добрый день, есть «Условия использования…», в которых прописаны юридические формальности того, что можно и что нельзя: http://legal.yandex.ru/site_termsofuse/

Но если сводить ее к человеческому языку, то, фактически, единственное, что мы запрещаем делать – это убирать логотип из результатов поиска, из формы поиска его убирать можно. И еще у нас есть вебинар, в котором показаны основные приемы по изменению оформления при помощи CSS-стилей: http://www.youtube.com/watch?v=KTA7JmLJ57c&ncrnd=2480