В настройках области поиска вашего сайта есть переключатель: искать с поддоменами или без.

Выглядит он вот так: https://yadi.sk/i/G744G87EdFne5

Если у вас переключатель зеленый (то есть включен), то поиск должен осуществляться с поддоменами. Если выключен – то только по основному сайту.  

Если вдруг у вас этот функционал почему-то не сработал, пожалуйста, напишите нам, мы посмотрим, в чем дело.