Добрый день!
Комментарии из поиска можно исключить, например, закрыв их тегом noindex: http://help.yandex.ru/webmaster/controlling-robot/html.xml. Он не мешает поисковому роботу переходить по ссылкам, но не дает осуществлять поиск по тексту, заключенному в этот тег. Однако в этом случае комментарии пропадут и из большого поиска Яндекса.
В большинстве случае комментарии хотя закрыть для того,  чтобы в поиске по ресурсу не отображался матный/ругательный контент или ссылки на «плохие» ресурсы. От этого можно защититься, если включить умеренный, а лучше даже семейный поиск  (в разделе «Область поиска»).
Что касается вашего второго вопроса, то, к сожалению, так сделать нельзя, если, конечно, вы не хотите, чтобы основные тексты пропали из индекса вообще. Однако если проблема в том, что поиск ищет по динамическому контенту (например, но анонсам, которые размещены в виджетах или что-то подобное), то вы можете закрыть такой динамический контент тегом noindex,  как описано выше.