Добрый день!

Это происходит потому, что ваш сайт не полностью проиндексирован большим поиском Яндекса. По вопросам, как настроить индексирование в большом поиске Яндекса, вам стоит написать в службу поддержки Яндекс.Вебмастера.

Что касается проблем с полнотой в Яндекс.Поиске для сайта, то об этом взаимоотношении индексов знаем, в самое ближайшее время эту ситуацию должны исправить, чтобы больше подобные проблемы не повторялись. Сейчас для исправления ситуации вы можете воспользоваться настройкой индексирования Поиска для сайта, которая есть в разделе «Индексирование».