Доброго времени суток! Подскажите пожалуйста решение моей проблемы. 

Добавил Яндекс.Поиск на статичный сайт (вручную написанный код html, никакой CMS, все ссылки вида mysite.ru/page1.html).

После установки CMS (MODx), все пути сайта на собственные страницы лишились окончания *.html (т.е. приняли вид mysite.ru/page1), но Я.Поиск до сих пор выводит результаты поиска на ранее проиндексированные странички с окончанием *.html, которые уже не сущестсвуют (только сохранённые копии).

Возможно мне стоит дождаться заново своей очереди на индексацию роботом? Удалит ли он все "битые" ссылки и проиндексирует всё заново?

Так же пробовал удалять поиск по сайту и устанавливать заново, но проблема в том, что при повторном добавлении сайта, выводятся в результат поиска все те же старые странички с *.html.

Я так понимаю это из-за того, что в первый раз я добавил mysite.ru, и зеркалом был www.mysite.ru, а сейчас же я установил основным адресом у себя на сервере www.mysite.ru, и теперь, как я считаю, Я.Поиск считает его зеркалом и выводит мне результаты по старому поиску mysite.ru. Т.е. добавляю новый адрес сайта, и моментально получаю результаты индексирования по старому адресу, т.к. новый был когда-то зеркалом.

Подскажите, как решить проблему! Спасибо Вашей команде!