Добрый день!
Да, мы работаем с разными форматами документов, главное, чтобы текст там был представлен в виде текста (был распознан как текст), а не в виде изображения (как, например, иногда бывает с pdf). Форматы, которые мы можем индексировать, представлены в разделе «Уточнения» - «Формат документов»: https://yadi.sk/i/FzMFUHdrfLApE
Там же вы можете дать возможность вашим пользователям фильтровать поисковую выдачу по типу документов.

Меня интересует вопрос: Поиск и выдача файлов DOC и PDF будет в одной выдаче с html файлами или в разных?Новый Завет

Главное чтоб книги не участвовали в основном поиске с сайтами, как сайт и книга по количеству текста отличается. Послание к Евреям