В настоящее время Поиск для сайта работает на основе нескольких индексов, в том числе и на основе индекса большого поиска. Поэтому сейчас, если ваш сайт не проиндексирован Яндексом, то могут быть и проблемы при работе самого Поиска для сайта. О проблеме знаем, в ближайшее время ее решим для подтвержденных в Яндекс.Вебмастере сайтов.