Добрый день! Это происходит из-за того, что пока большой поиск Яндекса главным зеркалом считает тот сайт, на который он и исправляет. То есть описанная вами проблема возникает не только при переходе из результатов Поиска для сайта, но и при переходе из большого Поиска Яндекса. Кроме того, есть вероятность,  что у вас сейчас стоит неверное перенаправление.

По вопросам перехода на https и изменения главного зеркала лучше всего написать в службу поддержки Яндекс.Вебмастера (ссылка внизу страницы подтвержденного сайта). Там смогут оперативно и точно ответить на ваши вопросы по этой теме.  

Если же говорить о процессе смены главного зеркала вообще, то сам по себе процесс его изменения может занимать несколько недель. У нас есть общие рекомендации, которые могут ускорить этот процесс: http://help.yandex.ru/webmaster/indexing-options/main-mirror.xml Одно из которых, как вы правильно отметили, это директива Host.

Со стороны поиска для сайта мы также постараемся внести необходимые изменения, чтобы при смене главного зеркала не было проблем с поиском по сайту. Спасибо, что обратили на это наше внимание.