Добрый день! Раньше, когда был Поиск для сайта частично использовал общий индекс, такая проблема действительно могла быть. Теперь у любого владельца подтвержденного через Яндекс.Вебмастер сайта есть возможность использовать SaaS-технологию, которая быстро и максимально полно индексирует ваш сайт. Эта настройка находится в разделе «Область поиска» созданного вами поиска.