Добрый день, я правильно понимаю, что проблема связана с большим поиском, а не поиском для сайта? Если да, то добавлен ли ваш сайт в Яндекс.Вебмастер? Обычно проблемы индексирования сайтов большим поиском эффективнее всего решать через службу поддержки Вебмастера (ссылка внизу страницы подтвержденного сайта). К сожалению, без дополнительных инструментов через клуб я не смогу вам подсказать, в чем здесь может быть проблема.

Что же касается Поиска для сайта, то вы можете воспользоваться технологией SaaS-поиска, по вашему сайту будет создан отдельный индекс, не связанный с большим поиском, и поиск будет работать вне зависимости от того, сколько страниц в большом поиске Яндекса.