Это можно сделать, если вы будете использовать не обычную технологию большого индекса, а SaaS-технологию. Эта настройка есть в разделе «Область поиска», но она работает только для тех сайтов, которые подтверждены в Яндекс.Вебмастере под тем же аккаунтом, под каким создан поиск.  Полнота и скорость индексирования значительно возрастают, однако для данной технологии требуется первичное индексирование, которое может занять некоторое время (обычно сутки, для больших ресурсов может быть больше). Поэтому лучше не переключать уже созданный поиск на новую технологию, а создать в настройках еще один поиск, в нем выбрать эту технологию и подождать, когда будет проиндексировано 100% ресурса.