Во-первых, советуем вам воспользоваться рекомендациями, опубликованными на странице http://help.yandex.ru/webmaster/?id=995325.

Также советуем добавить сайт в сервис Яндекс.Вебмастер (http://webmaster.yandex.ru), это поможет вам отслеживать состояние сайта в поисковой системе, а также поможет найти ответы на многие ваши вопросы.

Для новых документов советуем воспользоваться индексированием по запросу. Об этом можно прочитать сдесь: http://help.yandex.ru/site/?id=1111541