Нужно разделять право использования конфигурации (программного кода) и версии платформы 1с. Если лицензия на код позволяет его использовать организации - пожалуйста, но в этом случае нельзя использовать учебную версию платформы. Если в организации есть лицензии на платформу 1с и ей разрешено использовать эту конфигурацию, то можно.