"Команда №…" - это отметка для военкомата, говорящая о том, в какую именно войсковую часть этот мобилизованный будет направлен. А поскольку по призыву в часть люди направляются не по одиночке, то их заранее комплектуют в соответствующие команды.
Например, в в/ч … необходимо направить по мобилизации трёх водителей, двух связистов, пять операторов РЛС, повара и фельдшера. Вот из них заранее и собирается команда под соответствующим номером.