Вакуум не пуст, в нём есть небольшие концентрации вещества и энергии. Правильнее задать вопрос, почему эти концентрации настолько малы. Ответ: потому что в изначальной Вселенной родилось приблизительно одинаково вещества и антивещества и они аннигилировали. Оставшееся небольшой количество вещества — это его избыток, возникший по неизвестной причине.