Почему атеизм изначально не предполагал отречения от Бога и веры, а отречение от тех форм и догматов, которые были установлены церковью?

Потому что это был не атеизм, а антиклерикализм. Т.е. богословская ересь, а не в корне иное мировозрение. Постепенная, а не скачкообразная деградация  европейской мысли и  социальной парадигмы европейского общества.

Антиклерикализм не есть совершенное безбожие. Часто, наоборот, освободившись от поповской опеки человек только и начинает верить в высшие силы, которым мы подчинены в полной мере. Разумнее принять их полноту, т.н. "рабство", которое только бывает между отцом и любящим сыном.

Атеизм, изначально не опровергал Бога. Атеизм, лишь, оспаривал Его главенствующую роль в материальном мире и божественное происхождение всего сущего. Ярким примером атеистического восприятия мира, является Буддизм.

Таким образом, и Христос, и Будда — да, атеисты. Но как к Христу налипло христианство, так и атеисты — та же церковь, но зеркально. 

Все верно, атеизм возник как форма сопротивления церкви в ее алчности, желании власти и поклонения народа глупым и высокомерным попам, ибо святых среди церковников были единицы, а непомерно жадных властвующих бездарей - сотни и тысячи.