Что больше всего не нравится людям в религии?

Как и все говорю за себя. Мне не нравится, прежде всего, формирование чувства страха и вины как инструменты управления людьми. Не случайно государство (и наше, конечно) охотно взаимодействует и сращивается с религиозными институтами, именно с позиции манипулирования сознанием и управления. Остальные "не" скорее относятся к церкви, а не к религии, и их уже здесь подробно описали. РПЦ может довольно скоро получить очередной взлет народного негодования, если все будет продолжаться так, как идет сейчас.

Правда. Правда ненавистна нашему эго. Правда, что мы не такие хорошие, как нам казалось. Правда, что у нас множество отвратительных качеств. И это все надо признать. Это и называется покаянием. Не каждый к этому готов.
Иисуса Христа и распяли, лишь, за то, что он говорил ПРАВДУ. Боюсь, окажись он в наше время, с ним поступили бы точно также.

Наличие духовенства, например, в христианстве. Откуда оно знает, как правильно понимать Библию?) Бог дал её людям же, но не дал инструкцию. Привилегированное положение духовенства с точки зрения самой религии не обосновано. В Библии нет особого места для него. Я уже молчу про лицемерие, когда христиане поливают грязью язычников, но при этом сами используют языческие элементы.

Запреты и ограничения. Непонятные обряды и ритуалы. А ещё больше не нравится почитание святых и Всевышнего, поскольку это очень сильно действует на наше самолюбие. Мы же такие Великие, а приходится опускаться до уровня "слуги" божьего. 

Мракобесие, ложь, навязчивость.

Это три кита, на которых стоит любая религия.

Пока люди, ее исповедующие, занимаются этим в специально отведенных местах, никакой проблемы нет. Проблемы начинаются когда они таким местом норовят сделать все вокруг.

Смотря - в какой. Адептам авраамических религий не нравится большое количество запретов и ограничений. Учёным в этих религиях не нравится противоречие священных писаний науке.