Чаще всего Яндекс списывает деньги за продление подписок, входящих в пакет "Яндекс.Плюс". Вернуть деньги можно, если вы не пользовались услугами, входящими в подписку.
Например, у меня была автоматически продлена на год подписка на Кинопоиск HD (Плюс Мульти с Амедиатекой). Я написал в поддержку сервиса, запросил отмену подписки и возврат средств. Так как после продления я не пользовался услугами Кинопоиска (не было просмотров контента) - деньги мне вернули через три дня.
Если никаких подписок у вас нет, а деньги сняли - возможен факт взлома карты и мошенники используют её данные для своих покупок. Вариантов также не много - временно заблокировать карту (в будущем скорее всего её нужно будет перевыпустить), связаться с поддержкой Яндекс.Плюса и заявить о факте мошенничества.