Сосна является представителям группы голосеменных растений. Основное отличие (ароморфоз) голосеменных - это появление семени, а также органа (шишки) для синтеза этого семени.
Папоротник же является споровым растением. Споры папоротника развиваются в сорусах, которые находятся с нижней стороны листа (вайи). Из спор возникает заросток с мужскими и женскими гаметофитами. В гаметофите на заростке созревают гаметы и оплодотворение происходит с помощью воды.
У сосны же, в мужских и женских шишках в результате созревают микроспоры и мегаспоры, в которых в свою очередь развиваются намёты. Микроспоры в пыльце мужской шишки, мегаспоры - в семязачатке женской шишки. Оплодотворение осуществляется ветром.
Это ключевые отличия.