Рефлексы и инстинкты обусловлены архитектурой нейросетей нервной системы (мозга у некоторых животных). В ДНК заложено то, как те или иные клетки будут реагировать в процессе развития организма на сигнальные факторы, перестраивая экспрессию генов посредством эпигенетического регулирования, что, в конечном итоге, определит морфологические и функциональные свойства клетки и совокупности клеток в виде органов и тканей (см. подробнее об этом мои ответы
здесь и
здесь). У эмбриона при закладке нервной системы и развитии мозга некоторые клетки становятся нейронами, а у нейронов под действием сигнальных и управляющих молекул (белков, экспрессируемых разными клетками в нужное время и в нужных местах) осуществляется не случайный рост аксонов, а целенаправленное наведение для создания базовой архитектуры нервной системы, в которой в нейросетях (и в морфофункциональном состоянии определённых нейронов) заложены рефлексы, инстинкты и вообще возможности к восприятию и обработке внешних и внутренних сигналов нервной системой, характерной для данного вида организмов. Формирование нервной системы – это наиболее сложный процесс морфогенеза. Если интересно, см. в Википедии статью Аксональное наведение (подробной является статья на английском
Axon guidance).