Если у вас идут расчеты, то договор должен обязательно быть. Соответственно, это уже считается сделкой.
Лимит для наличных расчетов между юридическими лицами и ИП - 100 тыс. руб. Такой лимит применяется для платежей в рамках одного договора. Причем действие лимита наличными между юридическими лицами / ИП распространяется не только на весь срок действия договора, но и на операции, выполняемые за его пределами.