Конечно разделяем. Смотри, у меня есть ООО, я учредитель и генеральный директор. Вопрос, деньги на счёте компании мои или они пренадлежат компании? Ответ конечно компании. Но, с ИП чуть сложнее. Чисто юридически, деньги на счёте ИП и физического лица для ФССП не имеет разницы. К примеру, штраф за привышение скорости оформляется на физическое лицо, но взыскать штраф могут как и со счёта физика так и со счёта ИП. Для ФНС ещё сложнее, нет разницы физик или ИП так как ИНН один, но иногда взыскания штрафов они разделяют, типа штраф по ИП значит счёт ИП, но иногда штраф на физика могут списать с ИП счёта.
Счёт ИП ты конечно можешь использовать и для личных целей, это не запрещено. Но, чисто сам устанавливаешь правило, что деньги бизнеса это деньги бизнеса, а личные это личные. Только ради порядка.