По нормам закона от 27.11.2018 № 422-ФЗ самозанятый платит налог с дохода, который он получил за выполнение работ/оказание услуг. Расходы при определении налоговой базы по НПД не учитываются.
Из этого следует, что самозанятый должен включать все накладные расходы в общую сумму вознаграждения, поскольку данные расходы предназначены для оказания налогооблагаемой услуги.
Если в данном случае не включить стоимость расходов в общий чек, то компенсация таких расходов (вне рамок Трудового договора) будет являться компенсацией личных расходов физлица. В такой ситуации заказчик должен удержать из суммы компенсации НДФЛ 13% и остальную сумму перечислить исполнителю. Поэтому самозанятый должен включить свои расходы в стоимость вознаграждения.
Подразумевается, что самозанятый, оказав услугу, окупил все расходы и остался с прибылью.