Зарплатой в конверте, как правило, работодатель не ограничивается, а существует так же и официальная зарплата, пускай и небольшая, с которой и платятся взносы в ПФР на будущую пенсию. Это так называемая "серая" зарплата ( часть платится официально, часть - нет).
Случаи, когда выплачиваются исключительно деньги в конверте ("черная" зарплата), уже достаточно редки. Но если вы все же попали именно в эту категорию работников, то можете добровольно перечислять страховые взносы в ПФР. Законодательство это предусматривает.