Нужно оплачивать с расчетного счета ООО и обязательно провести эту операцию в бухгалтерском учете как «Финансовые вложения». Способ покупки при этом особой роли не играет, это может быть биржа, обменник и т.д. Существуют обменники, которые поддерживают оплату со счета юрлица или вывод на него.
Далее при получении прибыли с криптоактивов необходимо платить налоги в соответствии с общим порядком налогообложения, описанном в НК РФ. Отдельных указаний относительно доходов с криптоактивов в налоговом кодексе пока нет.