Нет, не был, потому что тогда не было такого слова и такого понятия. Вообще во времена Александра Великого отношение к сексу вообще было иным, чем привычно нам сейчас, поскольку это была совершенно иная культура, построенная на совершенно иных принципах, в том числе морали. Так, в частности, в отношении секса фактически не было различий по "оси" мужчина-женщина (я понимаю, что в сложившейся в России истерии на эту тему это сложно представить), то есть в общем не было важно каков пол партнера, но проходило деление по оси "доминант - подчиненный". Представьте себе, что секс делится по оси "вагинальный - оральный", а не по полу партнеров. Странно? Вот и для греков-римлян столь же странно и необычно было бы делить людей по полу партнера.
Так что, вновь, отвечая на вопрос "был ли он геем" - нет, не было такого понятия, ни в речи ни в культуре, не было поэтому и геев, и Александр геем не был.
тогда вопрос построим по-другому: любил ли Александр мужчин?