История, рассказанная в мюзикле, довольно близка к оригинальной сюжетной линии романа Гюго.
Цыганка Эсмеральда находится под опекой цыганского герцога Клопена со смерти своей матери. После того, как табор цыган пытается проникнуть в Париж и получить убежище в Соборе Парижской Богоматери, их прогоняют королевские солдаты. Капитан стрелков, Фёб де Шатопер, заинтересовывается Эсмеральдой. Но он уже обручен с четырнадцатилетней Флёр-де-Лис.
На празднике шутов горбатый, кривой и хромой звонарь Собора Квазимодо приходит, чтобы посмотреть на Эсмеральду, в которую он влюблён. За его уродство его избирают Королем шутов. К нему подбегает его опекун и наставник, архидьякон Собора Парижской Богоматери Фролло. Он срывает с него корону и наказывает ему даже не смотреть в сторону Эсмеральды и обвиняет её в колдовстве. Он делится с Квазимодо планом похищения Эсмеральды, в которую он тайно влюблен. Он хочет запереть её в башню Собора.
Ночью поэт Гренгуар бродит за Эсмеральдой, и становится свидетелем попытки её похищения. Но поблизости караулил отряд Феба, и он защищает цыганку. Фролло удаётся незаметно сбежать — никто и не предполагает, что он тоже участвовал в этом. Квазимодо арестован. Феб назначает Эсмеральде свидание в кабаке «Долина любви». Все это слышит Фролло.
Гренгуар попадает в Двор чудес — обитель бродяг, воров и прочих маргиналов. Клопен решает повесить его по причине того, что он, не будучи преступником, зашёл туда. Он должен был быть повешен, если только кто-нибудь из девушек, живущих там, не захочет выйти за него замуж. Эсмеральда, после предложения со стороны Клопена, соглашается, чтобы спасти его. Он обещает сделать её своей музой, но Эсмеральда поглощена мыслями о Фебе. Она расспрашивает о значении его имени своего возлюбленного.
За попытку похитить Эсмеральду Квазимодо приговорили к колесованию. Фролло наблюдает за этим. Когда Квазимодо просит пить, Эсмеральда подает ему воду. В благодарность Квазимодо показывает ей Собор и колокольню, приглашая заходить, когда она захочет.
Фролло преследует Феба и вместе с ним заходит в «Долину любви». Увидев Эсмеральду в одной постели с Фебом, он ударяет его кинжалом Эсмеральды, который она всё время носила с собой, и убегает, оставив Феба умирать. Эсмеральду обвиняют в этом преступлении. Феб вылечивается и возвращается к Флёр-де-Лис.
Фролло судит и пытает Эсмеральду. Он обвиняет её в колдовстве, проституции и покушении на Феба. Эсмеральда заявляет, что она непричастна к этому. Её приговаривают к казни через повешение.
За час до казни Фролло спускается в подземелье тюрьмы Ла-Санте, где заключена Эсмеральда. Он ставит условие — он отпустит Эсмеральду, если та примет его любовь и будет с ним. Эсмеральда отказывается. Фролло пытается взять её силой.
В подземелье проникают Клопен и Квазимодо. Клопен оглушает священника и освобождает падчерицу. Эсмеральда скрывается в Соборе Парижской Богоматери. Жители «Двора Чудес» приходят туда, чтобы забрать Эсмеральду. Королевские солдаты под началом Феба вступают с ними в бой. Клопен убит. Бродяги изгнаны. Фролло отдаёт Эсмеральду Фебу и палачу. Квазимодо ищет Эсмеральду и вместо неё находит Фролло. Тот признается ему, что отдал Эсмеральду палачу за то, что она отказала ему. Квазимодо скидывает с собора Фролло и умирает сам с телом Эсмеральды на руках.
Через много лет в подземных лабиритах собора были найдены два скелета, один нежно обнимал другой…