Не ясно из вопроса, какой именно теплый пол имеется ввиду. Но по двум традиционным вариантам так.
Я не советую на электрический теплый пол (на основе греющего кабеля) ставить перегородку из пеноблоков. Делать это не стоит по причине изменения теплоотведения с поверхности. Если упрощенно, такой электрический теплый пол работает по принципу электрического чайника. Если в нем есть вода - все в порядке, тепло отводится, вода греется. А вот если включить чайник без воды - он перегорает, так как тепловая энергия не отводится. Аналогичному этому, если на электрический теплый пол поставить перегородку из плохо отводящих тепло пеноблоков - отвод тепла ухудшится. Насколько сильно ухудшится теплообмен, через сколько "выгорит" изоляция жил кабеля и "выгорит" ли вообще - это другой вопрос. Но то, что система начнет перегреваться - это факт.
Для установки перегородок на систему водяного теплого пола не вижу сложностей, которые могли бы привести к серьезным последствиям. При условии правильно выполненного пола и аккуратного выполнения самих работ.