Очень сложный вопрос. Тут целый комплекс причин. Очень подробно писал на эту тему Песков в газете "Комсомольская правда". Как-то мне попал в руки сборник его статей - и там как раз было про обмеление рек. Проблема стояла остро еще в 60-70-е годы. С тех пор мало что изменилось. На память могу перечислить - уничтожение лесов. Реки должны течь среди деревьев. Деревья защищают воду, не дают забиваться родникам и ключам. А у нас повсеместно вырубают деревья вдоль рек. Это губит родники. А родники питают реки. Кроме того, в лесах всегда влажно. Леса аккумулируют воду и постепенно ее отдают, делая климат мягче.
Вторая беда - уничтожение болот. Болота также влияют на полноту рек. Болота как губки - впитывают воду и постепенно отдают ее речкам и ручьям. Как и леса - болота просто необходимы для нормальной работы рек. А у нас повсеместно их осушают.
Распашка земель вплотную к рекам, застройка берегов. - все это приводит к тому, что почву смывает дождями в реки и они заиливаются.
Катера и моторки - волны от катеров размывают берег и опять же почва смывается и заиливает русло.
Разбор воды для полива. Вспомните, из-за чего высохло Аральское море. В Орловской области упал уровень грунтовых вод - слишком много разбирают воды для полива дачи и частные дома. Пересыхают родники. Засыхают деревья. Все взаимосвязано.
Загрязнение рек. Казалось бы - где отходы промышленности и где обмеление рек? А оказывается и это сильно влияет. Рыбы могут успешно поедать водную растительность и замедлять процесс зарастания рек. Но когда отходы производства сливают в реки, как у нас в Орловской области, - то рыба вся дохнет. Километры мертвой рыбы - обычная картина. В итоге реки умирают.
Можно перечислять еще долго - почитайте Пескова. Он гораздо лучше об этом обо всем написал.
Вот еще несколько причин - спрямление русла рек.
Намыв песка для строительства.
Строительство ГЭС на реках.
Разработка карьеров рядом с рекой - вода может уходить в образовавшиеся пустоты.