Немного странный, вообще-то, вопрос. И непонятная идея – отдавать не все ключи. Для продавца ведь квартира после перехода права станет попросту чужой. Ему ключи тогда для чего? Квартира нравилась, жалко было продавать? Хочется иметь возможность иногда в свободное время и в отсутствие новых владельцев приезжать и принимать ванну и/или грустить-ностальгировать?
На каком этапе, в какой момент ключи отдавать? Это предмет договорённости сторон. Чаще всего – при подписании акта приёма-передачи. А подписание сторонами этого акта чаще всего является одним из условий получения продавцом денег с аккредитивного счёта или ячейки. Но это именно – «чаще всего». Потому что специальным законом не регламентируется, а желания и возможности, то есть обстоятельства, бывают разные.
Прописывать передачу ключей в ДКП (договоре купли-продажи)? Не думаю. Зачем его этим перегружать? Для таких дополнительных условий, как ключи, наличие/отсутствие какой-либо мебели, приборов учёта и т.п. можно по необходимости составить дополнительное соглашение. Хотя можно, конечно, и в ДКП прописать – это не принципиально.
Кстати. По практике. Большинство покупателей меняет замки от квартиры в день подписания передаточного акта. Иногда, если они не очень сложные, – привозят их с собой. И вопроса ключей попросту нет. Ну разве что от подъезда (парадной:) и от дворовой территории, если она огорожена и на замке.