Если сделки прошли в одном налоговом периоде (календарном году), то вы вправе заявить о вычете в размере стоимости приобретенной квартиры.
Ваш налог = 13% * (доход от продажи - расходы от покупки).
Если не укажете расходы на приобретение в декларации 3-НДФЛ, налоговая исчислит налог с полной суммы дохода от продажи.
Важно обязательно подать декларацию, т.к. платить налоги это обязанность, а получение вычетов - право и вам решать заявлять о них или нет.