Сметану делают из сливок, а скир делают из сепарированного (т.е. разделенного на молоко и сливки) обезжиренного молока, фактически из отходов производства сливочного масла. То есть, грубо говоря, сметану и скир делают из разных "частей" молока. Как следствие сметана получается жирной, а скир получается, наоборот, обезжиренным, но зато с большим количеством белка.
Сметана изготавливается сквашиванием сливок, это жидкий продукт. Скир делают сквашиванием обезжиренного молока и его процеживанием - это ближе к изготовлению сыра. Поэтому чаще всего скир плотнее, чем сметана.
Ну и как у любых локальных продуктов, для производства скира и сметаны используются немного разные бактерии. В скире - болгарская палочка, что делает его более похожим на йогурт.