Фамилия происходит от мужского имени Меркул - бытового сокращения канонического православного имени Меркурий.
Произведение фамилии от краткой формы имени было достаточно распространено, например Федосов - от Федос (Феодосий), Сёмин - от Сёма (Симеон) и т. п.