Здравствуйте, Дарья!
Не думаю, что этот фразеологизм долго откуда-то шел) Происхождение, на мой взгляд прозрачное: прямое значение выражения "протирать/протереть глаза" стало основой для формирования переносного значения или вторичного. Очевидно, что этот переносное значение является производным, то есть оно мотивировано первичным значением. Мы протираем глаза в прямом значении, когда просыпаемся. И протираем глаза в переносном, когда с трудом приходим в себя от чего-л. неожиданного. Разъясняю. В выражении "протереть глаза" переносное значение образуется на базе прямого: мы трем глаза не после пробуждения, мы как бы не верим своим глазам и поэтому беремся их протирать.