Всегда очень осторожно отношусь к таким вопросам. Если работодатель единственный, кто будет официально переводить Вам деньги как самозанятому, то налоговая может вменить "схему" ухода от налогов. Будут проблемы.
Самозанятость имеет смысл оформлять только если у Вас несколько клиентов, и Вы можете легко подтвердить, что РЕАЛЬНО ведется такую деятельность, а не батрачите только на одного работодателя )