Хрен - бог мудрости у древнеславянских племен. А Боги, как известно, живут в горах))
Дошло это выражение до нас в негативном контексте, возможно, потому что служители христианства принижали всех языческих богов.
Вспомните еще выражения с упоминанием "хрена", которые дошли до нас.
- Хрен его знает (так говорят, когда НИКТО не знает. Никто из людей) Но, видимо, Хрен знает. Можно заменить на другое известное выражение: Бог его знает).
- Хрен с ним (с каким либо делом) - оставление проблемы на всемогущую мудрость Хрена. Опять же, можно заменить на "Бог с ним".
Вот поэтому Хрен = Бог. А Боги живут в горах. Да и их языческие изображения (идолов) тоже устанавливали на горах.