Окончание -у в Местном падеже (современный предложный) был у существительных древнего типа склонения на *u - сынъ, домъ, вьрхъ, чинъ, медъ, полъ и нек.др. В древнерусском языке прошла унификация типов склонения, в результате которой сформировались современные. Некоторое время была конкуренция между разными окончаниями в одних и тех же падежах. В целом конкуренцию "выиграло" окончание -е, но рудименты старой системы остались. Похожая история с формами родительного, типа (стакан) "сахару".