Почему утка, в которой яйцо и игла Кощея, находится в зайце?

Элемент системы безопасности.

Зайцы обычно не очень хотят, чтобы из них доставали утку, и всячески бегут сопряженных с этим инвазивных процедур.

Кощей знал, что суеверный русский народ боится встречи с зайцем, поэтому не будет убивать и потрошить его. А значит, утка с иглой надежно спрятана.