Как влияет на договор аренды, если арендодатель гражданин сдал в аренду нежилое помещение без регистрации ИП?

И с чего бы договору стать недействительным, если для аренды арендатор не обязан быть предпринимателем? Это не поставка. 

Уж точно недействительность не возникнет из-за позиции суда по административному делу, в котором деятельность физика квалифицировалась как предпринимательская.

Это вопрос исключительно налогового режима, на действительность и заключенность гражданской сделки это не влияет. 

"Конституционный Суд Российской Федерации в постановлении от 27 декабря 2012 года N 34-П изложил правовую позицию, согласно которой, несмотря на то, что в силу статьи 23 ГК РФ при несоблюдении обязанности пройти государственную регистрацию в качестве индивидуального предпринимателя гражданин, осуществляющий предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, не вправе ссылаться на то, что он не является предпринимателем, отсутствие такой государственной регистрации само по себе не означает, что деятельность гражданина не может быть квалифицирована в качестве предпринимательской, если по своей сути она фактически является таковой".

PS лично я категорически не считаю, что аренда, пусть и нежилого помещения, сама по себе делает деятельность предпринимательской, а не иной, приносящей прибыль.

В свое время был ряд дел, в том числе с участием судей и чиновников, в которых сдача в наем квартир оценивалась как иная деятельность, совместимая со статусом фигурантов.

В приведённом деле заявитель последовательно становился собственником большего количества коммерческих помещений, что указывает на использование доходов от аренды на расширение бизнеса. Это и есть дополнительный, но обязательный признак предпринимательской деятельности, без которого она останется просто иной, приносящей доход. 

Ни как не влияет. Договор аренды является действительным. Ссылка на указано Вами решение суда относится к налоговому кодексу. Наличие статуса ИП, физлица или ООО в вашем случае ни как не влияет на не действительность договора.