Нет, при подаче искового заявления не нужно.
Бюджетное учреждение отвечает по своим обязательствам всем находящимся у него на праве оперативного управления имуществом, в том числе приобретенным за счет доходов, полученных от приносящей доход деятельности, за исключением особо ценного.
По обязательствам бюджетного учреждения, связанным с причинением вреда гражданам, при недостаточности имущества учреждения, на которое может быть обращено взыскание, субсидиарную ответственность несет собственник имущества бюджетного учреждения.
Таким образом, привлекать собственника имущества бюджетного учреждения нужно только в случае, если оно самостоятельно не может возместить Вам причиненный вред.