Что чаще всего мешает сотрудникам компаний эффективно учиться и проходить то обучение, которое компания им назначила?

Понимание того, что это им просто не нужно. И когда выучатся то на них просто свалят больше работы за те же деньги.

Ещё могут быть и другие "осложняющие" обстоятельства: обучение за свой счёт, без отрыва от работы, за счёт своего личного времени и т.п.

Лень и отсутствие должного уровня интеллекта.
Если с первым можно бороться методом кнута и пряника, то второе это скорее просчет руководства, который не верно рассчитал потенциал работника.