Ответ начнем с последней части вопроса, поскольку не совсем ясна ваша претензия. Если договор заключался на условиях одновременного использования скидки и рассрочки и это зафиксировано в письменном виде, то здесь нет никакой проблемы. Однако при отсутствии такой записи в составленном документе и других подтверждающих документов могут возникнуть сложности.
Российском законодательством (см. статью 54 федерального закона «Об образовании в Российской Федерации») установлены правила и порядок составления договора об оказании платных услуг ОУ. Он не может содержать такие условия, которые ограничивают права студентов/учащихся либо снижают уровень предоставления им ранее оговоренных гарантий. Даже в случае их включения в договор они не подлежат применению и не имеют юридической силы.
В вашем случае необходимо еще раз внимательно прочитать все пункты документа, заключенного при приеме на обучение за счет средств физического лица. Если там прописаны полная стоимость и порядок оплаты услуг (ч.3 статьи), то вам не стоит беспокоиться: после подписания договора не допускаются никакие корректировки стоимости и графика оплаты платных услуг. Единственным исключением в данном контексте является увеличение стоимости услуг вуза с учетом официально признанного уровня инфляции. При этом высшее учебное заведение один раз в год имеет право изменять полную стоимость платных услуг (без учета произведённой оплаты за предыдущие периоды учебы) по уже заключенному договору с учетом уровня инфляции. Как правило, такие поправки оформляются дополнительным соглашением к договору об оказании платных образовательных услуг, которое составляется в той же форме, что и главный документ.
Также рассматриваемый договор может быть расторгнут в одностороннем порядке данной организацией (университет/институт) в случае просрочки оплаты стоимости оказываемых вузом платных образовательных услуг. Важно знать, что информация, указанная в этом договоре, должна соответствовать официальным данным вуза, действительным на дату заключения соглашения.
При нарушении порядка заключения договора вы имеете право обратиться в суд. Но можно вначале попытаться разобраться с проблемой в самом вузе, написать претензию с указанием всех обстоятельств и отправить ее ректору образовательной организации.