Просто для контраста - любые другие стандартные цвета (а их всего-то пять - синий, фиолетовый, чёрный, красный, зелёный) не так сильно отличаются друг от друга, и есть шанс, что ученик просто не заметит исправление учителя.
Вот все и привыкли к исправлениям именно этим цветом.
Но по современным исследованиям его, и правда, было бы неплохо заменить - у ученика красный цвет вызывает слишком большой стресс, а у учителя - желание придираться. И это не шутка, если что - человек с красной ручкой в руке на самом деле будет находить больше ошибок, чем человек с любым другим цветом пасты.