Отличается ли как-то живая и не живая материя на уровне атомов?

На уровне атомов принципиального отличия между живой и неживой материей нет.

Никак не отличается. Иначе вы не смогли бы ни есть, ни дышать - ведь это всё процессы поглощения вами атомов "неживой материи" и их встраивания в собственную "живую".

На уровне атомов живая и неживая материя не отличаются. 

Отличия начинаются при взаимодействии с обратной связью органических молекул - белков.

Нет.

Система отличается от кучи тем, что имеет свойства, которыми не обладают отдельные элементы. Достигается  это за счет взаимодействия элементов.

Живые существа - пример таких систем. Атомы свойствами жизни не обладают, а специальным образом собранная из них система обладает.

А еще более сложные системы все из тех же атомов обладают не только жизнью, но и сознанием.

Сегодняшняя наука принципиальных отличий не обнаружила. Есть некие псевдо- или около- научные теории и даже опыты, но к науке в строгом смысле всё это не относится.

На уровне атомов нельзя отличить не только живую и неживую материи, но и молекулу сахара от молекулы из кости. А на уровне элементарных частиц невозможно отличить водород от железа.

Все мы отличаемся именно тем, как сложились атомы, в какие молекулы, как эти молекулы соединились друг с другом, как закодировалось ДНК у живого организма.

Понятие о живой материи – это заблуждение XVIII-XIX веков. Живым может быть только организм, который принимает активное участие в обмене веществ с внешней средой. В противном случае, организм превращается в “мертвую” материю, то есть набор молекул или атомов. Жива ли на ваш взгляд мумия?

Живое - значит подвижное. Живое существо или растение в основном состоит из воды и обеспечивается постоянным процессом синтеза белка и обмена веществ, строится на основе химической активности веществ и отношений положительных и отрицательных ионов.