Рег. палата отказала в регистрации долгосрочного договора аренды между Арендодателем ИП и Арендатором ООО, правомерно ли это?

На самом деле, очень странная причина для отказа. Если я ИП, сдаю помещение как ИП и плачу с него налог - то все правомочно. 

Более того, коммерческая недвижимость предназначена для извлечения прибыли. От сдачи в аренду в том числе. А прибыль - это предпринимательская деятельность. Которой должны заниматься ИП и остальные юр.лица. 

Было бы логично, если ситуация была наоборот. Потому что физики как таковые, извлекающие прибыть от предпринимательской деятельности на регулярной основе, должны оформляться в ИП или другого юрика.

И в догонку- для ООО, договор с физиком, это всегда больший головняк. Т.к. ООО выступает в этом случае налоговым контрагентом для физ.лица. Не все это любят. 

Поэтому форма ИП - ООО, самая адекватная. 

Я 5 лет работала в коммерческой недвижимости и за это время, мы зарегистрировали уйму договора аренды между ИП и ООО. 

Так что, какой-то бред. Либо денег от Вас хотят, либо причину расшифровали неверно. Может что-то с ИП не так? Вы его проверяли, оно актуально? Налоги обязательные в пенсионку и мед. платятся? Хотя, не уверена, что росреестр имеет к этому отношение. 

Не совсем моя тема, но по моему Росреестр отказал правомерно. Для меня, как для юриста, всё логично.
Возможно Вам нужно как-то взять помещение на баланс ИП и перезаключить договор… Я бы на Вашем месте прям позвонил в Росреестр, объяснил ситуацию и проконсультировался с ними на прямую. Ничего страшного в этом нет.