Вопрос на самом деле совсем не глупый, только надо сделать некоторую поправку. Реальным руководителем СССР была высшая группа партноменклатуры (которую в принципе можно соотнести с Политбюро или ЦК), а генеральный (первый) секретарь - это больше символическое публичное лицо (даже в случае со Сталиным, который, безусловно, ближе других подошел к установлению единоличной власти, но даже он не был человеком, который все и всегда решал в одиночку). И причина здесь в том, что существовало расхождение между декларированным - СССР как советская республика (где формальным руководителем был Съезд Советов/Верховный Совет - как коллегиальный орган) и реальным - СССР как партократия. Собственно уже после Октябрьской революции принцип советской власти начал ликвидироваться, а ему на смену пришел Совет народных комиссаров - который состоял исключительно из большевиков (потом на короткое время в него входило несколько левых эсеров), причем состав его довольно сильно пересекался с ЦК РСДРП(б). С этого момента складывается практика, которая просуществовала почти до самого конца СССР - существует одна партия, в руках членов которой находится вся полнота власти. А после того, как из советов всех уровней были вычищены все остальные партии и они стали чисто большевистскими, сложилась следующая ситуация. Будучи членами партии, все люди, занимающие руководящие посты в государстве (хоть председатель СНК/Совета министров, хоть председатель президиума Съезда Советов/Верховного Совета), должны были подчиняться партийной дисциплине. Партия же, в свою очередь, подчинялась решениям, выработанным на партийных съездах, а в промежутке между ними - решениям ЦК (и Политбюро - как руководящей группы внутри ЦК). Ну а руководство ЦК осуществлял как раз Генеральный/Первый секретарь - но при этом формально-то его должность была технической (согласно Уставу партии Секретариат занимался организационной и кадровой работой, а кадры, как известно, решают все). Поэтому секретарь ЦК и не был единоличным руководителем, что показывает, например, отставка Хрущева или, наоборот, лишение Брежнева возможности уйти в отставку в 1976 году.
Если все резюмировать, то получается такая картина. Все государственные органы в СССР контролировались одной партией, члены которой подчинялись партийной дисциплине. Руководство партией осуществлял ЦК, который выбирал Секретариат для организационной и кадровой работы. Соответственно руководитель Секретариата в результате обладал возможностью влиять на назначение тех или иных членов партии на те или иные должности. Что и давало ему власть в стране, которая ограничивалась другими членами ЦК.