Как писали свои труды древнегреческие философы?

Обычно писали. На дощечках глиняных, на папирусе. Некоторые записывали свои труды сразу, за некоторыми записывали ученики. Многие труды безвозвратно утеряны и известны по отрывкам компиляторов, а также пересказам, многие из которых не слишком надёжны. Ну и конечно были разного рода подделки, куда уж без них. Бывает очень трудно выстроить верную картину воззрений того или иного философа по имеющимся сведениям, но это очень увлекательное занятие, напоминающее детектив. Букинистический детектив, если хотите.