Здравствуйте! В соответствии со ст. 199 ГК РФ, исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения. Таким образом, заявлять о применении срока исковой давности нужно было на уровне суда первой инстанции, до момента вынесения решения. На апелляционном уровне можно применить срок исковой давности только в том случае, если апелляционная коллегия рассматривает дело по существу (ч. 5 ст. 330 ГПК РФ, ч. 6.1 ст. 268 АПК РФ). Нужно очень постараться, что бы убедить апелляционную коллегию сделать это, естественно должны быть обоснованные причины, а не просто желание должника. Если вы были надлежащим образом извещены о судебном производстве и не подали судебную защиту, не просили суд первой инстанции применить срок исковой давности, то на уровне апелляции вы не сможете применить срок исковой давности, так как у апелляционной коллегии не будет оснований для рассмотрения дела по существу.
В части "Как написать апелляционную жалобу", не путайте исковое производство с приказным. Шаблон можно применить только при отмене судебного приказа, который не вступил в силу. В исковом производстве нет шаблонов по защите. Рекомендую обратиться к специалисту, который имеет опыт по подобным делам, знает нюансы, понимает, как правильно применить нужный закон и т.д.