Дмитрий, добрый день. При постановке на учет транспортного средства (далее - ТС), в Вашем случае, не должно возникнуть проблем, так как собственником ТС являетесь именно Вы - свидетельством этому является договор купли-продажи (если Вы конечно сделку провели надлежащим образом). А с регистрации в ГИБДД сняли автомобиль с учета, как я полагаю, в силу того, что у них возможно появилась информация о смерти прежнего владельца ТС, так как Вами регистрационные действия не производились и о Вас в ГИБДД, как о собственнике этого ТС, сведений нет. Исходя из этого, формируйте необходимый пакет документов и подавайте на регистрацию ТС (если она Вам конечно нужна), так как регистрация позволит Вам управлять ТС на дорогах. А владеть и распоряжаться данным ТС Вы можете и без регистрации в органах ГИБДД на основании того самого договора купли-продажи. Успехов Вам.