Нет, не правомерно, суд был обязан рассчитать правильную сумму госпошлины и если установит, что оплачено истом было больше, то вернуть истцу излишне уплаченную сумму, а с ответчика, проигравшего дело, взыскать положенную сумму госпошлины. Обжалуйте решение в этой части.